Mueller objął stanowisko dyrektora FBI zaledwie tydzień przed atakami z 11 września 2001 roku. W czasie dwunastoletniej kadencji przekształcił biuro z instytucji skupionej głównie na ściganiu przestępstw w agencję, której pierwszoplanowym zadaniem stało się zapobieganie terroryzmowi.
W 2017 roku został specjalnym prokuratorem prowadzącym dochodzenie w sprawie ingerencji Rosji w wybory i kontaktów otoczenia Donalda Trumpa z Rosjanami. Śledztwo doprowadziło do zarzutów wobec sześciu współpracowników Trumpa, lecz nie wykazało wystarczających dowodów przestępczej zmowy kampanii z Rosją.
Mueller był weteranem wojny w Wietnamie, odznaczonym między innymi Brązową Gwiazdą i Purpurowym Sercem. Byli prezydenci George W. Bush i Barack Obama podkreślali po jego śmierci służbę publiczną oraz rolę w modernizacji FBI.
Najważniejsze etapy kariery
- Dyrektor FBI w latach 2001–2013.
- Przebudował biuro po zamachach z 11 września.
- Kierował śledztwem w sprawie rosyjskiej ingerencji w wybory z 2016 roku.
- Był oficerem piechoty morskiej i weteranem wojny w Wietnamie.